Инструменты ручка и маркер находятся в одной группе. В панели текущего инструмента можно настроить цвет/прозрачность линии, толщину и тип линии, цвет/прозрачность заливки.

Видео-объяснялка про выбор цвета, прозрачности и типа линий у инструментов.